La chiesa fu costruita nel 1523-24 per volere della popolazione e delle autorità del borgo di Lugano, inglobando una cappella votiva tardoquattrocentesca. Tra il 1622 e il 1635 la confraternita di S. Carlo Borromeo fece sistemare il portico e innalzare il campanile, mentre la costruzione della Santa Casa della Madonna di Loreto, la cui Traslazione è raffigurata nella lunetta sopra il portale, è del 1728-30. Sul terreno dell’odierno giardinetto pubblico sorgeva, durante tutto l’Ottocento, il cimitero degli “acattolici”.